上海外汇辅导期到期报关单是指在外汇管理政策下，对于新成立的企业或特定情况下企业，在一定期限内进行外汇管理的辅导期内，其进出口业务报关单的处理方式。当辅导期结束时，企业需要按照新的外汇管理规定进行报关单的申报和处理。

辅导期内的企业通常会面临一些特定的管理措施，例如需要提供更多的财务和业务资料，以证明其合规性和合理性。这些措施有助于外汇管理部门更好地了解企业的运营状况，确保其符合国家的外汇管理政策。

随着辅导期的结束，企业需要按照正式的规定来处理进出口业务。这包括但不限于：

1. **提交完整的报关单信息**：企业需要确保所有提交给海关的报关单信息准确无误，包括商品名称、数量、价值等详细信息。

2. **遵守最新的外汇管理规定**：了解并遵守最新的外汇管理政策和法规，确保所有交易活动都在合规范围内进行。

3. **及时申报和缴纳税费**：根据实际进出口情况及时向海关申报，并按要求缴纳相关税费。

4. **加强内部控制机制**：建立和完善内部财务和业务管理制度，提高自身管理水平，减少因操作不当带来的风险。

对于即将进入正式运营阶段的企业来说，提前做好准备是非常重要的。这不仅包括熟悉最新的法律法规要求，还需要加强与相关部门（如海关、外汇管理局等）的沟通联系，确保能够顺利过渡到正式运营状态。

总之，上海外汇辅导期到期后如何正确处理报关单是企业必须重视的问题之一。通过遵循相关规定并加强内部管理，可以有效避免因不符合要求而产生的各种问题。