苦参栓与苦参碱栓是两种在临床上应用广泛的药物，它们的主要成分虽然都源自苦参植物，但在具体成分、作用机制以及使用方法上存在一定的区别。

首先，从成分上看，苦参栓的主要成分为苦参提取物。而苦参碱栓则含有特定的活性成分——苦参碱。这种差异导致了两者在药理作用上的不同。

其次，在作用机制方面，由于成分的不同，两者的作用机制也有所区别。苦参栓通过其提取物中的多种有效成分发挥抗炎、抗菌、抗过敏等作用。而苦参碱栓则是通过其主要活性成分——苦参碱来实现其药效。苦参碱具有较强的抗菌和抗炎作用，能够有效抑制炎症反应，并对多种细菌具有抑制效果。

此外，在使用方法上，这两种药物也有一定的差异。一般来说，苦参栓是通过直肠给药的方式使用，适用于治疗直肠炎、痔疮等疾病。而苦参碱栓同样采用直肠给药的方式，但因其含有较高浓度的活性成分，在使用时需要遵循医生的指导和建议。

综上所述，尽管苦参栓与苦参碱栓都来源于同一种植物——苦参，但它们在具体成分、作用机制以及使用方法上存在显著差异。因此，在选择使用时应根据患者的具体情况和医生的建议来决定最适合的药物类型。