小石子掉入摩托车机油里面，是否真的没事，需要从几个方面来考量。

首先，摩托车的机油系统是封闭的，机油通过油泵和滤清器循环，设计上已经过滤掉了大部分杂质。因此，如果只是偶尔掉入一颗小石子，它可能不会对机油造成显著影响。然而，这并不意味着可以忽视这个问题。

其次，石子可能会划伤机油滤清器或油路内部的金属部件。如果石子较大或者数量较多，可能会导致机油滤清器堵塞或者损坏油路系统。这种情况不仅会降低发动机润滑效果，还可能引发更严重的机械故障。

再次，如果小石子在发动机内部滚动并进入燃烧室或活塞环附近区域，则可能导致活塞磨损加剧、密封不良等问题。长期以往可能影响发动机的性能和寿命。

最后，在发现有异物进入机油系统后应立即检查并清理。可以通过拆卸油底壳、检查滤清器等方式进行清理，并观察是否有磨损或其他异常情况。同时建议及时更换新的机油和滤清器以确保发动机正常工作。

总之，虽然偶尔掉入一颗小石子可能不会立即造成严重问题，但为了保障摩托车的长期稳定运行及延长使用寿命，在发现此类情况时仍需及时采取措施处理。