合景净化工程公司在生物制药GMP厂房洁净车间设计方面遇到了一些挑战。首先，洁净车间的设计需要严格遵循GMP（良好生产规范）标准，这要求设计团队对生物制药行业的特殊需求有深刻理解。

在实际操作中，我们发现许多设计上的问题。例如，空气流通系统的设计往往不够优化，导致洁净度难以达到预期标准。此外，车间内部布局不合理也是一大问题，这不仅影响生产效率，还可能增加污染风险。

此外，材料选择也是一个关键因素。使用不合适的材料不仅会影响车间的洁净度，还可能对产品质量造成不利影响。因此，在选择材料时必须考虑到其耐腐蚀性、易清洁性和生物相容性等因素。

另一个重要问题是人员流动管理。合理的人员流动路径可以有效减少交叉污染的风险。然而，在实际设计中，往往忽视了这一点。

最后，自动化与智能化设备的应用也是提高洁净车间效率的关键。然而，在一些项目中，自动化程度不足或设备选型不当都成为制约因素。

综上所述，合景净化工程公司在生物制药GMP厂房洁净车间设计过程中面临诸多挑战。未来的工作需要进一步提升对行业标准的理解，并在设计和实施过程中注重细节处理。