新办企业发工资的计算方法通常包括以下几个步骤：

1. **确定工资基数**：新办企业首先需要确定员工的基本工资，这通常基于员工的职位、技能以及市场行情来决定。企业可以根据自身财务状况和市场情况，合理设定工资标准。

2. **计算个人所得税**：根据国家税法规定，员工的工资收入需要缴纳个人所得税。企业需要按照国家税务总局发布的最新税率表，计算出应扣缴的个人所得税金额。具体计算公式为：应纳税所得额 = 工资收入 - 起征点 - 专项附加扣除（如适用），然后根据所得等级税率表计算应纳税额。

3. **社会保险和公积金**：新办企业还需为员工缴纳社会保险和住房公积金。这些费用通常由企业和员工共同承担。具体比例和金额需参照当地政策执行。

4. **实发工资计算**：实发工资 = 应发工资 - 个人所得税 - 社会保险费用 - 住房公积金费用。其中，应发工资包括基本工资、奖金、津贴等所有计入工资的部分。

5. **发放方式**：新办企业可以通过银行转账、现金发放或电子支付等多种方式发放工资。建议采用银行转账方式，以确保资金安全并方便员工查询。

6. **记录与存档**：企业应妥善保存与工资相关的所有记录，包括但不限于劳动合同、考勤记录、薪资单等文件，以便于日后查阅或应对可能的税务检查。

7. **合规性检查**：新办企业在制定和执行工资发放计划时，需确保遵守相关法律法规，如最低工资标准、加班费支付等规定。

通过以上步骤，新办企业可以有效地管理其员工的薪酬发放工作，并确保符合所有相关的法律和税务要求。