扎旗汽车站的运营时间是根据当地交通管理部门的规定进行设置的。通常情况下，扎旗汽车站会在早晨6点左右开始运营，具体开门时间可能会根据季节和实际运营需要有所调整。乘客在出行前，建议提前查询最新的运营时间信息，以确保不会错过乘车时间。此外，扎旗汽车站还提供咨询服务，如有疑问可以直接前往服务台询问工作人员。