三方协议单位联公司弄丢了，这给公司的财务管理和业务合作带来了不小的麻烦。为了应对这一情况，公司需要迅速采取一系列措施，以确保业务的顺利进行和财务安全。

首先，公司应立即联系相关合作方，说明情况并寻求对方的理解和支持。同时，尽快补办丢失的三方协议。这通常需要重新签署一份新的协议，并且可能需要提供相应的证明材料以证明原协议的有效性。

其次，为了防止类似情况再次发生，公司应当加强对重要文件的管理。可以考虑采用电子化管理的方式，通过安全的云存储系统保存电子版的协议文件，并设置严格的访问权限和备份机制。同时，定期进行文件清理和归档工作，确保重要文件的安全存储。

此外，在与合作伙伴签订新的合作协议时，应明确约定双方在协议丢失情况下的处理流程和责任分配。这样可以在出现问题时有据可依，减少不必要的纠纷。

最后，公司还应该加强员工的培训和教育工作，提高员工对文件管理重要性的认识。通过定期组织培训活动和发放相关资料，增强员工的责任意识和风险防范能力。

总之，在三方协议单位联公司弄丢的情况下，公司需要迅速采取措施解决当前问题，并从长远角度出发完善内部管理机制。只有这样，才能确保公司在未来的业务合作中更加顺畅和安全。