在重庆进行羊水穿刺和无创产前基因检测是孕妇常见的选择，这两种检查方式各有特点，费用也有所不同。

羊水穿刺是一种较为传统的产前诊断方法，通过抽取羊水样本进行分析，能够较为准确地检测出胎儿是否存在染色体异常等问题。由于该检查方法需要在B超引导下进行操作，因此其费用相对较高。根据市场调查，在重庆地区，羊水穿刺的费用大约在2000元至4000元人民币之间，具体价格可能因医院等级和设备差异而有所不同。

相比之下，无创产前基因检测（NIPT）是一种更为便捷且风险较低的筛查方式。它通过采集孕妇的血液样本，利用新一代测序技术对胎儿游离DNA进行分析，从而评估胎儿是否存在染色体异常的风险。无创产前基因检测的费用相对较低，一般在1000元至2500元人民币之间。不过需要注意的是，尽管无创产前基因检测具有较高的准确性，但它属于筛查性质的检查，并不能完全替代羊水穿刺等诊断性检查。

综上所述，在重庆地区进行羊水穿刺和无创产前基因检测的具体费用存在一定的差异。孕妇在选择时应结合自身情况和医生建议综合考虑。