在探讨公司实行综合工时制的情况下，双休日工作是否算作加班的问题时，我们需要深入理解相关政策和法规。

首先，综合工时制是指企业根据生产经营需要，对部分岗位实行以周、月、季、年等为周期的综合计算工时制度。这种制度下，员工的工作时间不再局限于法定工作时间之内，而是通过一个周期内的综合计算来确定。

根据《中华人民共和国劳动法》的规定，实行综合工时制的企业需要向劳动行政部门提出申请，并获得批准后方可实施。在获得批准后，企业应当确保员工在一个周期内的总工作时间不超过法定标准工作时间，并且要保证员工的休息休假权益。

那么，在这种情况下，双休日工作是否算作加班呢？答案取决于具体的工作安排和企业的规定。如果企业在双休日安排员工工作，并且没有按照法定标准支付加班费或安排补休，则可以视为加班。

然而，如果企业在实行综合工时制的过程中合理安排了员工的工作时间，并确保在一个周期内总工作时间不超过法定标准工作时间，则双休日工作的性质可能会有所不同。在这种情况下，企业可以根据实际情况决定是否支付加班费或安排补休。

因此，在处理公司实行综合工时制下双休日工作的性质问题时，企业和员工应当充分了解相关政策和法规，并根据实际情况合理安排和处理。