在商业合作中，公司签订的协议是双方合作的基础。然而，当一方未能履行协议中的条款时，可能会引发违约问题。在这种情况下，违约金作为一项重要的法律条款，被广泛应用于解决因一方违约而产生的经济损失问题。

违约金的设定旨在确保合同双方遵守协议条款，从而维护市场秩序和公平竞争。当一方违反合同约定时，另一方可以根据协议中的违约金条款要求对方赔偿相应的经济损失。这不仅有助于保护受害方的利益，还能够促使违约方承担相应的责任，从而减少未来的违约行为。

在签订合同时，双方应充分沟通并明确约定违约金的具体数额和计算方式。合理的违约金数额应当与实际损失相匹配，并且不应过高或过低。过高的违约金可能导致合同难以执行或受到法律的限制；而过低的违约金则可能无法有效补偿受害方的实际损失。

此外，在处理违约纠纷时，应当遵循公平、公正的原则。如果双方对违约金数额存在争议，可以通过协商、调解或诉讼等方式解决纠纷。在某些情况下，法院可能会根据实际情况调整违约金的数额。

总之，在公司签订的协议中明确规定违约金条款是保障双方权益的重要手段之一。合理设置和执行这些条款有助于维护商业合作的良好秩序，并促进经济活动的健康发展。