北京南地铁站的运营时间是根据北京市轨道交通的统一安排进行的。通常情况下，北京地铁在工作日和非工作日的运营时间有所不同，以确保乘客能够顺利出行。

工作日，北京南地铁站的运营时间一般是早上5:00开始，晚上11:30左右结束。而到了非工作日（包括周末和节假日），运营时间会有所调整，通常从早上5:30开始，晚上11:30左右结束。需要注意的是，这些时间可能会因特殊情况或施工调整而变化，因此建议出行前通过官方渠道或地铁站公告确认最新的运营时间。

为了确保顺利出行，请乘客们提前规划好行程，并关注最新的地铁运营信息。同时，合理安排出行时间，避免因地铁关门而影响行程。