面对两亩耕地被强制征收长达11年，且导致经济损失超过40万元的情况，协商赔偿成为了一个复杂但必要的过程。在这一过程中，理解相关法律法规和政策是至关重要的。

首先，需要明确的是，耕地征收通常涉及国家或地方政府的公共利益需求，如基础设施建设、城市规划等。因此，在协商赔偿时，了解征收的具体原因和依据是第一步。

其次，应当咨询专业的法律顾问或土地权益保护组织。他们能够提供关于补偿标准、计算方法的专业建议，并帮助识别可能存在的法律漏洞或不合理之处。

在正式开始协商之前，收集所有相关的证据材料至关重要。这包括但不限于土地使用权证、种植记录、损失评估报告等。这些资料将有助于证明您的损失程度，并支持您的索赔请求。

与征收方进行直接沟通时，保持冷静和专业态度非常重要。明确表达自己的诉求，并提出合理的赔偿方案。同时也要倾听对方的观点，寻找双方都能接受的解决方案。

如果协商无果，则可以考虑通过法律途径解决问题。提交至法院或仲裁机构寻求公正裁决，在此过程中可能需要聘请律师作为代理人。

总之，在处理此类问题时要全面考虑各种因素，并采取适当的策略来维护自身合法权益。